1996 yılında altyapısından yetiştiği Arjantin'in köklü kulübü River Plate ile profesyonel kariyerine başlayan Aimar, 5 yıl boyunca ülkesinde başarıyla top koşturdu. 2001 kış transfer döneminde rekor bir ücretle Valencia'nın yolunu tutan Arjantinli yıldız, hünerlerini uzun yıllar La Liga'da sergiledi. Valencia sonrası Zaragoza'da da forma giyen Aimar, 2008 yazında Benfica'ya imza attı. Portekiz macerası sonrası kısa bir süre Darul Tazim ile Malezya Ligi'ni de deneyimleyen başarılı isim, son olarak River Plate'ye geri dönerek profesyonel kariyerine başladığı yerde futbolu bıraktı.

Futbolu bıraktıktan sonra yeşil sahalarda görev almaya devam eden Aimar, sırasıyla Arjantin U17 ve U20 takımlarını çalıştırdı. Aimar şu anda Arjantin milli takımı teknik direktörü Lionel Scaloni'nin yardımcılığını yapıyor.