21 yaşında profesyonel kariyerine ülkesinde Tombense'de başlayan Jose Fernandao; Brezilya'da Flamengo, Palmeiras, Athletico Paranaense ve Bahia gibi birçok kulüpte forma giydi. Ülkesi dışına ilk transferini 2014'ün kış transfer döneminde Bursaspor'a yapan Brezilyalı forvet, yeşil beyazlı forma altında Süper Lig'de gol krallığı yaşadı.

Bursaspor'daki başarılı performansıyla Fenerbahçe'ye imza atan Fernandao, sarı lacivertlilerde geçirdiği 3 sezonun ardından Al-Wahda'nın kadrosuna katıldı. Suudi Arabistan'da hem beklediğini bulamayan hem de kendisinden olan beklentileri karşılayamayan oyuncu yarım sezon sonra Bahia forması altında tekrar ülkesine geri döndü. 

Son olarak 2021'de Goias'ta oynayan ve ardından herhangi bir futbol kulübünde forma giymeyen 35 yaşındaki Jose Fernandao, bu süreçte "Crown Of Life" isimli bir giyim markası kurdu. Fernandao ayrıca halen kendi markasının reklam yüzü olarak objektif karşısına da geçiyor.