1989 yılında profesyonel kariyerine başladığı Hollanda'nın Roosendaal takımının ardından sırasıyla NAC Breda, Celtic, Nottingham Forest, Vitesse, Benfica ve Feyenoord formaları giyen Pierre van Hooijdonk, gittiği her takımda golcülüğünü konuşturarak kazanılan başarılarda büyük pay sahibi oldu.

2003 yazında ülkemiz ekiplerinden Fenerbahçe'ye imza atan Pierre van Hooijdonk, Süper Lig'de de unutulmaz izler bıraktı. Sarı lacivertli takımın kazandığı zaferlerde başrol oynayan Hollandalı yıldız, 2 yıllık Fenerbahçe macerasının ardından ülkesine geri döndü.

Önce NAC Breda, ardından da Feyenoord formaları giyip 2007 yazında profesyonel kariyerini sonlandıran Hooijdonk, şu anda ülkesinde NOS TV'de futbol yorumculuğu yapıyor.