9 yaşındayken altyapısından girdiği ülkesi ekiplerinden Atlético Mineiro'da 1997 yılında profesyonel kariyerine başlayan Lincoln, buradaki 4 sezonunun ardından Kaiserslautern formasıyla Bundesliga'nın yolunu tuttu. 2004 yılında bir başka Bundesliga ekibi Schalke 04'e imza atan Brezilyalı oyuncu, buradaki performansıyla lige damga vurdu. 2007 yazında Süper Lig ekiplerinden Galatasaray'a imza atan Lincoln, kısa süreli Türkiye macerasında son sezonunda asist kralı oldu. 2009 yılında Palmeiras ile ülkesine geri dönen Lincoln, sonraki süreçte birçok farklı takımın formasını giydi ve EC Bahia'da futbolu bıraktı.

2015 yılında profesyonel kariyerini sonlandıran Lincoln, şu anda Brezilya'da kendi kurduğu L10 isimli şirkette sporcu danışmanlığı yapıyor.