Almanya doğumlu olan Misimovic, futbola da dünyaya geldiği kent olan Münih'te başladı. İlerleyen dönemde Bayern Münih'in altyapısına geçen başarılı orta saha çoğunlukla kendisine Bayern Münih II kadrosunda yer buldu. 2004 yazında Bochum'a transfer olan Misimovic, sırasıyla Nürnberg ve Wolfsburg formaları da giydi.

Özellikle Wolfsburg ile kariyerinin zirvesini yaşayan Bosnalı oyuncu, burada kazanılan Bundesliga şampiyonluğunda da büyük pay sahibi oldu. 2010 yazında yıldız bir futbolcu olarak Türkiye'ye gelen ve Galatasaray'a imza atan Misimovic, sarı kırmızılılarda beklentileri karşılayamadı. Ülkemizdeki 1 yıllık macerasının ardından Rusya ve Çin'de de forma giyen Misimovic,  2017'de kariyerini noktaladı. 

Futbolu bıraktıktan sonra da yeşil sahalarda kalmaya devam eden 39 yaşındaki Zvjezdan Misimovic, şu anda ülkesi Bosna Hersek milli takımında Teknik Heyet Sorumlusu olarak görev yapıyor.