Futbola, ülkesinin Deportivo Cali takımında başlayan Faryd Mondragon, Kolombiya, Paraguay ve Arjantin'e uzanan Güney Amerika yolculuğunun ardından 2000 yılında Fransa'nın Metz takımına transfer oldu. Burada geçirdiği bir yıl sonrası Galatasaray'dan transfer teklifi alan başarılı eldiven, Süper Lig'in yolunu tuttu.

2001-2007 yılları arasında Galatasaray'da boy gösteren Mondragon, sarı-kırmızılı ekipte 2002 ve 2006 yıllarında lig şampiyonluğu kazanmayı başarırken, 2005'te de Türkiye Kupası'nı kaldırma sevinci yaşamıştı.

Türkiye kariyeri boyunca 237 maça çıkan Mondragon, 2007 yazında Almanya'nın Köln takımına transfer oldu. Kariyerinin son dönemlerini Philadelphia ve yeniden Deportivo Cali'de geçiren tecrübeli file bekçisi, 2014 yılında futbola veda etti.

49 yaşındaki Faryd Mondragon, şu sıralar Independiente'de "kulüp temsilcisi" olarak görev alıyor.