Etkili frikikleri, sert şutları ve uzun taç atışlarıyla akıllara kazınan Cesar Prates, futbol kariyerine altyapısında yetiştiği Internacional'de başladı. Buradaki performansıyla Real Madrid'in dikkatini çekmeyi başaran Prates, İspanyol kulübüne transfer oldu fakat A takımda oynama şansı bulamadı. Sırasıyla Vasco da Gama, Coritiba, Botafogo ve Corinthians'ta kiralık forma giyen Brezilyalı sağ bek, 2000 yılında Portekiz kulübü Sporting'e transfer oldu. Sporting'de şampiyonluk yaşayan ve 2003-2004 sezonu öncesi Galatasaray'a transfer olan Prates, Süper Lig'de yalnızca 1 yıl oynadıktan sonra Botafogo formasıyla Brezilya'ya geri döndü. Prates, ülkesinde formunu arttırarak tekrar Avrupa'ya Livorno formasıyla adım attı ve kısa bir İtalya macerası yaşadı. Sonrasında Figueirense'ye imza atarak tekrar Brezilya'ya geri dönen Prates, futbolu da ülkesi ekiplerinden Nautico'da bıraktı.

2011 yılının ocak ayında futbol hayatını bitirdikten sonra sporun içinde kalmaya devam eden Prates, 2014'te kendi ismini taşıyan (Instituto Cesar Prates) bir futbol enstütüsü kurdu.

Futbol dışında farklı bir alana da yönelen ve müzik kariyeri yapan Prates, halen gitarıyla sahne almaya ve şarkı söylemeye devam ediyor.