1993 yılında ülkesi ekiplerinden Sport Recife'de profesyonel kariyerine başlayan Juninho, bir sezon sonra transfer olduğu Brezilya'nın köklü kulüplerinden Vasco da Gama'da tam 5 yıl forma giydi. 2000 yazında Fransız ekibi Lyon'a transfer oldu ve kulübün üst üst 7 kez Ligue 1'i kazanmasında büyük rol oynadı. 9 yıl Lyon'da oynadıktan sonra kulübün efsanelerinden biri haline gelen Juninho, 2009'da ise Katar ekibi Al-Gharafa'ya imza attı. Sonraki dönemde New York Red Bulls ile kısa bir Amerika macerası yaşayan Juninho, 2013 yazında tekrar Vasco da Gama formasıyla ülkesine döndü.

2014'te profesyonel kariyerini sonlandıran Juninho Pernambucano, şu anda efsanesi olduğu Fransa'nın Lyon kulübünde Sportif Direktör olarak görev yapıyor.