1994 yılında altyapısından yetiştiği Boavista'da profesyonel kariyerine başlayan Nuno Gomes, buradaki 3 başarılı sezonun ardından ülkesinin köklü ekibi Benfica'ya transfer oldu. Benfica'da kariyerinin kulüp takımları bazında belki de en başarılı yıllarını geçiren Gomes, 2000 yazında Türkiye milli takımına da gol attığı EURO 2000 sonrası yüksek bir bonservis ücretiyle İtalyan ekibi Fiorentina'ya transfer oldu. 

İtalya'da beklenen çıkışı bir türlü gösteremeyen Portekizli golcü, 2 yıl sonra tekrar Benfica formasıyla ülkesine geri döndü ve burada tam 9 yıl takımının başarısı için top koşturdu. Gomes, Benfica sonrası sırasıyla Braga ve Blackburn formaları da giyerek 2014'te aktif kariyerini sonlandırdı.

Futbolu bıraktıktan sonra yeşil sahalarda antrenör olarak yer almasa da sporun içinde kalmaya devam eden Gomes şu anda Portekiz Ligi'nin ve EURO 2020'nin elçiliğini yapan sporcular arasında bulunuyor. 44 yaşındaki Portekizli eski golcü bunun dışında, ülkesinde bir spor kanalında yorumculuk da yapıyor.